日本の特別史跡

北海道

• 五稜郭跡

東北

• 三内丸山遺跡（青森県）
• 大湯環状列石（秋田県）
• 中尊寺境内（岩手県）
• 無量光院跡（岩手県）
• 毛越寺境内 附 鎮守社跡（岩手県）
• 多賀城跡  附 寺跡（宮城県）

関東

• 旧弘道館（茨城県）
• 常陸国分寺跡（茨城県）
• 常陸国分尼寺跡（茨城県）
• 大谷磨崖仏（栃木県）
• 日光杉並木街道 附 並木寄進碑
• 金井沢碑（群馬県）
• 山上碑および古墳（群馬県）
• 多胡碑（群馬県）
• 埼玉（さきたま）古墳群（埼玉県）
• 加曽利貝塚（千葉県）
• 江戸城跡（東京都）
• 旧浜離宮庭園（東京都）
• 小石川後楽園（東京都）

中部

• 尖石石器時代遺跡（長野県）
• 一乗谷朝倉氏遺跡（福井県）
• 遠江国分寺跡（静岡県）
• 新居関跡（静岡県）
• 登呂遺跡（静岡県）
• 名古屋城跡（愛知県）
• 本居宣長旧宅　同　宅跡（三重県）

近畿

• 安土城跡（滋賀県）
• 彦根城跡（滋賀県）
• 鹿苑寺（金閣寺）庭園（京都府）
• 慈照寺（銀閣寺）庭園（京都府）
• 醍醐寺三宝院庭園（京都府）
• 大坂城跡（大阪府）
• 百済寺跡（大阪府）
• 姫路城跡（兵庫県）
• キトラ古墳（奈良県）
• 高松塚古墳（奈良県）
• 山田寺跡（奈良県）
• 石舞台古墳（奈良県）
• 巣山古墳（奈良県）
• 藤原宮跡（奈良県）
• 文殊院西古墳（奈良県）
• 平城宮跡（奈良県）
• 平城京左京三条二坊宮跡庭園（奈良県）
• 本薬師寺跡（奈良県）
• 岩橋千塚古墳群（和歌山県）

中国・四国

• 斎尾廃寺跡（鳥取県）
• 旧閑谷学校 附 椿山石門津田永忠宅跡および黄葉亭（岡山県）
• 厳島（広島県）
• 廉塾ならびに菅茶山旧宅（広島県）
• 原爆ドーム（広島県）
• 讃岐国分寺跡（香川県）

九州

• 王塚古墳（福岡県）
• 水城跡（福岡県）
• 太宰府跡（福岡県）
• 大野城跡（福岡県）
• 基肄（椽）城跡（福岡県・佐賀県）
• 吉野ケ里遺跡（佐賀県）
• 名護屋城跡並陣跡（佐賀県）
• 福井洞窟（長崎県）
• 金田城跡（長崎県）
• 原の辻遺跡（長崎県）
• 熊本城跡（熊本県）
• 臼杵磨崖仏 附 日吉塔、嘉応二年在銘五輪塔 承安二年在銘五輪塔（大分県）
• 西都原古墳群（宮崎県）