山手線（品川～新宿～田端）＋東北本線（田端～東京）＋東海道本線（品川～東京）
東北本線（大宮～東京）＋東海道本線（東京～横浜）＋根岸線（横浜～大船）
東海道本線（東京～熱海）
東海道本線（東京～品川）＋東海道本線（品鶴線）（品川～武蔵小杉～鶴見）＋東海道本線（鶴見～大船）＋横須賀線（大船～久里浜）
山手線（山手貨物線）（大崎～池袋）＋赤羽線（池袋～赤羽）＋東北本線（支線）（赤羽～大宮）
東北本線（東京～上野～尾久～黒磯）
東北本線（東京～上野～尾久～大宮）＋高崎線（大宮～高崎）
東北本線（上野～日暮里）＋常磐線（日暮里～高荻）
東北本線（上野～東京）を経由し、東北本線（宇都宮線）、高崎線および上越線・両毛線、常磐線および成田線（我孫子支線）と東海道本線（東海道線）および伊東線を相互直通する運行系統。
宇都宮線・高崎線－東海道線の系統と、常磐線・成田線－東海道線（品川）の2系統がある。
東北本線（東北貨物線）（大宮～田端信号場）・山手線（山手貨物線）（池袋～大崎）・東海道本線（大崎支線経由品鶴線）（大崎～武蔵小杉～鶴見）を経由し、東北本線（宇都宮線）・高崎線と東海道本線（東海道線）・横須賀線を直通運転する運行系統。
宇都宮線－横須賀線系統と、高崎線－東海道線系統の2系統がある。
山手線（山手貨物線）（新宿～大崎）＋東海道本線（大崎支線経由品鶴線）（大崎～武蔵小杉～鶴見）＋東海道本線（東海道貨物線支線）（鶴見～羽沢横浜国大）
中央本線・東北本線（東京～神田）＋中央本線（神田～代々木）＋中央本線・山手線（代々木～新宿）＋中央本線（新宿～高尾）
中央本線（三鷹～御茶ノ水）＋総武本線（御茶ノ水支線）（御茶ノ水～錦糸町）＋総武本線（錦糸町～千葉）
外房線（千葉～蘇我）＋内房線（蘇我～館山～安房鴨川）