列車種別は鉄道事業者にとって様々種類がありますが、一般的には特急（特別急行）、急行、快速・準急、普通・各駅停車の順に、停車駅が多くなる傾向にあります（快速が急行よりも優等の場合もあります）。これに、「区間○○」や「通勤○○」、「快速○○」を付与してさらに種別を増やすこともあります。
各駅に停車する普通列車と比して、停車駅が少ないタイプの種別を、「優等列車」や「急行系列車」「速達列車」と呼称することもあります。
なおJRは、乗車券のほかに急行券が必要な列車を「急行列車」、それ以外の乗車券のみで乗車可能な一般列車を「普通列車」と呼称します。新幹線もこの定義上では「（特別）急行列車」、新快速は「普通列車」に分類されますが、ここでは一般的な「愛称」としての列車種別を記載します。
特別急行列車の略です。JRや一部私鉄においては乗車券のほかに「特急券」が必要となりますが、特急券が不要な一般列車として「特急」を設定する私鉄も数多くあります。
私鉄の有料特急で、各路線のフラッグシップとなる車両が使われます。
例えば、東武特急（きぬ・けごん・会津、リバティけごん・リバティ会津）、西武特急レッドアロー号・ラビュー号（ちちぶ・むさし・小江戸）、京成スカイライナー、小田急ロマンスカー（はこね、さがみ、えのしま ほか）、名鉄特急（ミュースカイ）、近鉄特急（ひのとり、しまかぜ）、南海ラピート・こうや・りんかん、など様々な種類があります。
私鉄の特急のうち、一部座席が有料となるタイプです。例えば、京急モーニング・ウィング号・イブニング・ウィング号（快速特急）、南海サザン・天空、京阪快速特急洛楽などがあります。
「快特」とも呼ばれる、特急よりも上位の種別です。「通勤快特」や「エアポート快特」などのバリエーションも存在します。
以下のようなバリエーションがあります。特急に比して上位・同位・下位など様々なパターンがあります。
急行は、「特別」な急行に対して「普通」の急行であり、原則として特急の次に停車駅の少ない速達種別です（ただし東武鉄道においては急行よりも快速が上位の種別）。JRや一部私鉄においては乗車券のほかに「急行券」が必要となりますが、急行券が不要な一般列車として「急行」を設定する私鉄も数多くあります。
2016年3月26日のダイヤ改正以降、JRグループでの定期急行列車は運転されていません。私鉄においては、秩父鉄道の「秩父路」、秋田内陸縦貫鉄道の「もりよし」、えちごトキめき鉄道の観光急行、大井川鐡道のSL・EL急行の「かわね路」「南アルプス」の4社5種が残っています。
私鉄の特急のうち、一部座席が有料となるタイプです。例えば、東急の「Qシート」連結の急行などがあります。
「快急」とも呼ばれる、急行よりも上位の種別です。「通勤快急」というバリエーションもあります。
以下のようなバリエーションがあります。急行に比して上位・下位など様々なパターンがあります。
「準急行」の略で、急行の次に停車駅の少ない速達種別です。国鉄においては「急行列車」の種別の1つとして、「準急料金」が必要な列車でしたが、急行に統合されています（JRには準急はありません）。私鉄では基本的には一般列車として「準急」が走っています。現在、私鉄を含めて「準急」で料金を徴収する列車は、津軽鉄道の「ストーブ列車」（ストーブ列車券を徴収）のみです。
以下のようなバリエーションがあります。準急に比して上位・下位など様々なパターンがあります。
快速は、JRにおいては「急行列車」に比して「普通列車」の中での優等種別、私鉄においては急行や準急よりも停車駅が多い速達列車です（ただし、東武鉄道においては急行よりも上位の種別 、西武鉄道においては準急よりも上位の種別として扱われる）。
快速よりも停車駅の少ない、速達タイプの快速です。JR西日本の京阪神地区と、JR東海の名古屋地区で運転されます。
「特快」と呼ばれる、「快速」の上位に位置する速達タイプの種別です。以下のようなバリエーションがあります。JR中央線快速のものが有名で、「通勤特別快速（通勤特快）」「中央特快」「青梅特快」といった種別があります。
以下のようなバリエーションがあります。快速に比して上位・同位・下位など様々なパターンがあります。
分類上は快速の一種ですが、原則として乗車時には「乗車整理料金」や「座席指定料金」など特別の料金が必要な種別の総称です（一部、「安芸路ライナー」など「ライナー」の愛称でも特別料金を徴収しない快速列車も存在します）。また一般に、特急 や急行に近い速達性を有することが特徴です。
JRにおいては「ホームライナー」ほか「○○ライナー」の呼称で通勤路線を中心に設定されてきましたが、近年では特急に置き換えられる形で廃止されるケースが相次いでいます。
私鉄においては、例えば京成「モーニングライナー」「イブニングライナー」、東武「TJライナー」「THライナー」、西武・東京メトロ・東急・横浜高速鉄道「S-TRAIN」、西武「拝島ライナー」、京王「京王ライナー」「Mt.TAKAO」号、しなの鉄道「しなのサンライズ」号・「しなのサンセット」号、あいの風とやま鉄道・IRいしかわ鉄道「あいの風ライナー」、京阪ライナーなど のライナー列車が設定されています。
原則として各駅に停車する種別です。「普通」「普通車」「各駅停車」「各停」などの呼称があります。
JRにおいては、国鉄時代の伝統から、近距離の各駅停車や快速などの「電車」が走行する「電車線」（緩行線）と、長距離の特急や急行・中距離の快速や普通列車が走行する「列車線」（急行線・快速線）と遠近分離が図られた複々線区間において、電車線を走るすべての駅に停車する普通電車を「各駅停車」、列車線に設置されたすべての駅（電車線よりも駅数は少ない）に停車する普通列車を「普通 （※）」と区分してきました（各駅停車と区別するため、「普通列車（快速）」や「快速」と案内される場合もあります）。
※東海道本線の線増別線である横須賀線は、（東京－品川間および鶴見－横浜間は京浜東北線に対して通過駅があるものの）「列車線」ではなく（横浜－大船間で各駅停車の役割を果たすことから）「電車線」の扱いですが、京浜東北線との並走区間で通過列車があることから「各駅停車」の呼称は用いず、「普通」を使用します。ただし列車線を走行しないことから普通"電車"であり、普通"列車"とは呼称しません。
また線区によっては、電車線においても「快速」を運転する場合があります（京浜東北線など）。この場合は、「快速電車」と呼称されます。この場合、東海道本線（電車線 ）の「快速電車」（京浜東北線）よりも、東海道本線（列車線）の「普通列車」（東海道線）のほうが速達列車であるということになります。
なお、列車線（急行線・快速線）を走る列車であっても、その走行区間が「近距離」のものであれば、当該の列車は「電車」と呼称されます（常磐線（列車線）の常磐線快速は「上野－取手」間の区間列車については「快速電車」、総武 本線（列車線）の総武線快速は全線で「快速電車」、中央本線（御茶ノ水－三鷹間の列車線）の中央線快速も東京－高尾間の快速電車は全線で「快速電車」です。）。
一方で、その走行区間が「中距離」となれば、当然に当該の列車は「列車」と呼称されます（常磐線の「上野－土浦間」の中距離列車は「取手まで快速運転、取手より普通列車」と旅客上は案内されますが、実体は当該全区間で「普通列車」となります。同様に常磐線の「特別快速」は「特別快速列車」、東海道線（列車線）の「快速アクティー（廃止）」は「列車」です。）。
「普通」とついている場合でも、通過列車が存在する（各駅に停車しない）ケースがいくつかあります。
また、列車有効長の関係で（ホームが短いために）編成の長い列車が通過となるケース（京成の旧博物館動物園駅）もありました。