同一地域の同一駅名だが所在地の異なる駅

北海道

• 琴似駅　JR北海道函館本線－札幌市営地下鉄東西線
• 白石駅　JR北海道函館本線－札幌市営地下鉄東西線

東北

• 石川駅　JR東日本奥羽本線－弘南鉄道大鰐線

関東

• 浅草駅　東武伊勢崎線・東京地下鉄銀座線・都営地下鉄浅草線－首都圏新都市鉄道つくばエクスプレス線
• 早稲田　（停留場）都電荒川線－（駅）東京地下鉄東西線
• 弘明寺駅　京急本線－横浜市営地下鉄ブルーライン

中部

• 堀田駅　名鉄名古屋本線－名古屋市営地下鉄名城線
• 春日井駅　JR東海中央本線－名鉄小牧線
• 味美駅　名鉄小牧線－JR東海交通事業城北線
• 草薙駅　静岡鉄道静岡清水線－JR東海東海道本線
• 野々市駅　北陸鉄道石川線－IRいしかわ鉄道線

近畿

• 十条駅　近鉄京都線－京都市営地下鉄烏丸線
• 嵐山駅　京福電鉄嵐山本線－阪急電鉄嵐山線
• 六地蔵駅　京阪宇治線－JR西日本奈良線・京都市営地下鉄東西線
• 木幡駅　（こはた）JR西日本奈良線－（こわた）京阪宇治線
• 黄檗駅　京阪宇治線－JR西日本奈良線
• 宇治駅　JR西日本奈良線－京阪宇治線
• 吹田駅　JR西日本東海道本線－阪急千里線
• 中津駅　阪急神戸本線・宝塚本線－Osaka Metro御堂筋線
• 大阪梅田駅　阪神本線－阪急神戸本線・京都本線・宝塚本線
• 福島駅　JR西日本大阪環状線－阪神本線
• 野田駅　JR西日本大阪環状線－阪神本線
• 今里駅　近鉄大阪線－Osaka Metro千日前線・今里筋線
• 難波駅　南海本線・高野線－Osaka Metro御堂筋線・四つ橋線・千日前線
• 平野駅　JR西日本関西本線－Osaka Metro谷町線
• 尼崎駅　（J尼）JR東海道本線・福知山線・JR東西線－（阪尼）阪神本線・なんば線
• 塚口駅　JR西日本福知山線－阪急神戸本線・伊丹線
• 伊丹駅　JR西日本福知山線－阪急伊丹線
• 西宮駅　JR西日本東海道本線－阪神本線
• 芦屋駅　阪神本線－JR西日本東海道本線
• 御影駅　阪神本線－阪急神戸本線
• 春日野道駅　阪神本線－阪急神戸本線
• 神戸三宮駅　阪神本線－阪急神戸本線・神戸高速線
• 三宮駅　神戸新交通ポートアイランド線－神戸市営地下鉄西神・山手線
• 市場駅　JR西日本加古川線－神戸電鉄市場駅

中国・四国

• 白島　（停留場）広島電鉄白島線－（駅）広島高速交通アストラムライン
• 本通　（停留場）広島電鉄宇品線－（駅）広島高速交通アストラムライン
• 朝倉　（停留場）とさでん交通伊野線－（駅）JR四国土讃線
• 枝川　（停留場）とさでん交通伊野線－（駅）JR四国土讃線
• 伊野　（停留場）とさでん交通伊野線－（駅）JR四国土讃線

九州

• 城野駅　JR九州日豊本線・日田彦山線－北九州モノレール小倉線
• 志井駅　JR九州日田彦山線－北九州モノレール小倉線
• 郡元　（停留場）鹿児島市電谷山線－（駅）JR九州指宿枕崎線
• 谷山　（停留場）鹿児島市電谷山線－（駅）JR九州指宿枕崎線